3ª TEMPORADA STAR TREK: ESPACIO PROFUNDO 9 es la tercera serie sobre el maravilloso mundo de StarTrek, la serie trata de los problemas a los que deben enfrentarse el comandante Sisko y toda su tripulación en el control del primer agujero de gusano estable que se conoce y lleva al cuadrante Gamma, un cuadrante inexplorado y lleno de misterio. La tercera temporada cuenta con 26 episodios.

THE SEARCH (Episodio 47 y 48)	Con la esperanza de negociar un tratado de paz con los Dominion antes de que lancen un ataque sobre el cuadrante Alfa, Sisko se dirige al cuadrante Gamma para encontrar a los líderes del Dominion pero entonces descubre que el precio de esta paz puede ser demasiado alto. Mientras, Odo continua la busqueda de sus raíces en un apartado planeta.
THE HOUSE OF QUARK (Episodio 49)	La muerte accidental de un Klingon en el bar de Quark, hace que la familia de la viuda le obligue a casarse con ella.
EQUILIBRIUM (Episodio 50)	Un hecho del pasado de Dax puede significar el fin de la personalidad de Jadzia.
SECOND SKIN (Episodio 51)	Los Cardassianos secuestran a Kira y le dicen que ella es en realidad una agente Cardassiano infiltrado cuya apariencia ha sido alterada y su memoria borrada.
THE ABANDONED (Episodio 52)	Un huérfano Jem'Hadar es encontrado y llevado a la estación EP9. Odo trata de convencer al chico que hay algo más en la vida que matar y luchar.
CIVIL DEFENSE (Episodio 53)	El programa Cadassiano de la EP9 es activado accidentalmente, ahora han de escapar o salvar la estación.
MERIDIAN (Episodio 54)	Dax se enamora de un hombre de un mundo que pronto desaparecerá.
DEFIANT (Episodio 55)	Durante una visita de rutina a la estación el duplicado del comandante Riker roba el USS Defiant para atacar a los Cardassianos.
FASCINATION (Episodio 56)	Un virus aparece justo después de una celebración Bajorana, los afectados se sienten románticamente atraídos unos con otros.
PAST TENSE (Episodio 57 y 58)	Sisko, Bashir y Dax viajan al pasado, al siglo 21, por un problema del transportador, justo antes de un acontecimiento crucial. Ahora lucharán por regresar a su realidad.
LIFE SUPORT (Episodio 59)	Bashir utiliza métodos experimentales como último recurso para mantener con vida al Vedek Bareil mientras este colabora en las negociaciones de paz entre los Cardassianos y los Bajoranos.
HEART OF STONE (Episodio 60)	Mientras los terrorista Maquis atacan un planeta rocoso, Kira es atrapada en un cristal que crece rodeando su cuerpo.
DESTINY (Episodio 61)	Sisko lleva a cabo un proyecto científico con los Cardassianos ignorando que ellos va en contra de un antiguo maleficio Bajorano.
PROPHET MOTIVE (Episodio 62)	El gran Nagus decide abolir las normas codiciosas que han sido ley a lo largo de toda la historia de los Ferengi. Quark no se cree que lo haya hecho libremente y trata de descubrir que motivos ocultos hay detrás de ello.
VISIONARY (Episodio 63)	Un accidente causa que O'Brien salte hacia el futuro durante unas horas, en ese tiempo ve su propia muerte y algo peor.
DISTANT VOICES (Episodio 64)	Un ataque alienígena deja a Bashir gravemente herido y en estado de coma, durante el cual repasa aspectos de su pasado.
THROUGH THE LOOKING GLASS (Episodio 65)	En un universo paralelo Sisko debe asumir el papel de su contrapartida muerta para salvar a su difunta esposa, luego deberá regresar.
IMPROBABLE CAUSE (Episodio 66)	La tienda de Garak explota misteriosamente, al parecer alguien está interesado en la muerte exiliado Cardassiano. Odo deberá investigar el asunto.
THE DIE IS CAST (Episodio 67)	Una flota combinada entre fuerzas romulanas y cardassianas viajan al cuadrante Gamma para combatir contra los Dominion. Mientras Garak debe probar de que lado está, y para ello deberá matar a Odo.
EXPLORERS (Episodio 68)	Sisko y Jake se embarcan en una aventura para probar un antiguo sistema Bajorano para hacer viajes interestelares.
FAMILY BUSINESS (Episodio 69)	La madre de Quark ha sido descubierta haciendo negocios, y la ley Ferengi prohibe a los Ferengi hembras tener ganancias propias. Quark deberá ir a su planeta natal y encargarse del asunto.
SHAKAAR (Episodio 70)	Kira es enviada a Bajor en una misión para eliminar a la resistencia, pero acaba uniéndose a ellos como una fugitiva más.
FACETS (Episodio 71)	En un antiguo rito Trill, Jadzia Dax debe verse con las otras personalidades que han formado parte de Dax en el pasado, en ese instante ella se siente en inferioridad.
THE ADVERSARY (Episodio 72)	Una patrulla de Tzenkethe pretende iniciar una guerra contra la Federación, para ello ataca su territorio.