1ª TEMPORADA STAR TREK: ESPACIO PROFUNDO 9 es la tercera serie sobre el maravilloso mundo de StarTrek, la serie trata de los problemas a los que deben enfrentarse el comandante Sisko y toda su tripulación en el control del primer agujero de gusano estable que se conoce y lleva al cuadrante Gamma, un cuadrante inexplorado y lleno de misterio. La primera temporada cuenta con 20 episodios.

EL EMISARIO (Episodio 1 y 2)	Para poner fin a años de guerra entre el imperio Cardasiano y el gobierno Bajorano, una nueva tripulación de la Fereración toma el mando de una antigua estación espacial abandonada. De pronto un agujero de gusano artificial se abre ante ellos y Sisko va a investigar, conociendo a los creadores del agujero, unas formas de vida incorpóreas. Ahora la estación se convierte en el principal punto por el que han de pasar las naves de comercio con el cuadrante Gamma.
EL PASAJERO (Episodio 3)	Un malvado criminal, para ocultarse de su cazarecompenzas transfiere su conciencia a alguien de la estación, para controlarle y escapar con un nuevo cuerpo.
UN HOMBRE SOLO (Episodio 4)	Un hombre es asesinado en una holosuite, y todas las culpas apuntan a Odo, el cual es víctima de la incomprensión de los demás debido a sus diferencias.
CORRE A CASA (Episodio 5)	Una nueva raza del cuadrante Gamma muestra gran interés por los juegos de Quark, y le proponen un nuevo juego en el que varios oficiales se verán atrapados en un laberinto.
BABEL (Episodio 6)	Todos los habitantes de la estación Espacio profundo 9 se van contagiando por un virus artificial creado por los bajoranos, cuando la estación era de los Cardassianos, el virus quedó inactivo en el pasado porque detubieron al comando que iba a activarlo, pero O'Briend, accidentalmente lo activa mientras reparaba los replicadores. Quark va a tener que olvidar sus intereses y ayudar a los pocos que quedan sin contagiar para salvar a la estación.
LA CAZA DEL CAUTIVO (Episodio 7)	O'Brien ayuda un extraño ser que resulta ser de una raza criados para ser cazados en un salvaje juego. Todos tratan de ayudarle a conseguir la libertad, pero el ser no parece muy dispuesto.
SIN "Q" (Episodio 8)	La arqueóloga Vash llega a la estación acompañada de Q, esta entra en contacto con Quark para hacer comercio ilegal con unas piezas arqueológicas. Mientras la estación es víctima de una extraña fuerza que causa diversos problemas.
DAX (Episodio 9)	Dax es acusada de un asesinato que cometió Curson Dax el anterior huésped de su Trill.
PROLOGO AL PASADO (Episodio 10)	Kira tiene que tomar una difícil decisión, si continuar trabajando con la flota estelar o unirse a un grupo clandestino de Bajor en el que tiene amigos, y que pretende usar la fuerza para lograr sus fines.
EL NAGUS (Episodio 11)	Quark es repentinamente nombrado líder de los Ferengis, entonces descubre que se ha convertido en el objetivo de los asesinatos y que el nuevo puesto es muy peligroso.
VORTICE (Episodio 12)	Un criminal del cuadrante Gamma trata de tentar a Odo a que le deje escapar, para ello le ofrece el contacto con otros metamorfos.
LINEAS DE BATALLA (Episodio 13)	Sisko, Kira, Bashir y la líder religiosa de los Bajoranos, Kai caen en un antiguo planeta prisión, donde hay dos bandos que combaten desde tiempo inmemorial, entonces descubren que en ese planeta todo aquel que muere vuelve a la vida a las pocas horas.
El CUENTA CUENTOS (Episodio 14)	O'Brien es nombrado líder espiritual de un pueblo Bajorano y él es el único con poder para salvarles de un destructivo ser que les visita regularmente.
El PROGRESO (Episodio 15)	Kira trata de convencer a una anciano de su raza de que debe abandonar su casa, porque el planeta donde vive será destruido en breve.
SI LOS DESEOS FUERAN CABALLOS (Episodio 16)	De pronto todos los sueños y deseos de la tripulación se hacen realidad, y muy pronto la estación se encuentra en un gran peligro si no logran parar sus mentes a tiempo.
El ABANDONADO (Episodio 17)	Una entidad alienígena ocasiona el caos en la computadora de la estación. Mientras, llega a la estación Lwaxana Troi la cual se interesa mucho por el condestable Odo.
DRAMATIS PERSONAE (Episodio 18)	Kira cae bajo la influencia de una entidad que le induce a enfrentarse a Sisko y luchar por el control de la estación.
DUET (Episodio 19)	Kira sospecha que un cardassiano que a entrado en la estación puede ser una antiguo criminal de guerra, con múltiples crímenes sobre su espalda.
IN THE HANDS OF THE PROPHES (Episodio 20)	Una líder espiritual de Bajor trata de finalizar la alianza entre la Federación y Bajor por discrepancias con las enseñanzas seculares de O'Brien.